雖然地方連署特赦扁的聲音高漲，不過據了解，府院高層對赦扁的態度將是「即便黨通過，也不會成為政府的決策」；至於過去支持特赦扁的行政院長賴清德，也不會涉入此次連署。連長期替扁奔走的民進黨立院黨團總召柯建銘，也直言這樣連署不是最好的方式。民進黨地方和高層在赦扁一事，顯已出現高度分歧。 特赦聯盟總幹事蕭永達說，連署人數都過半，有信心特赦案會在全代會通過；雖然民進黨全代會通過的提案未必成為政府政策，但總統蔡英文兼民進黨主席，蔡總統如果要特赦扁，民進黨的多數決可以當她的後盾，這個壓力可由民進黨全黨承擔，不必由蔡總統獨扛。 負責與民進黨中央、立委溝通的立委許智傑說，赦扁有三部曲：全代會通過赦扁案，接著修改赦免法，然後總統行使特赦權。 蕭永達說，由於黨代表的人數足以讓連署人數過半，原本不打算請縣市首長連署，本月十三日聯盟把黨代表連署的連署書送到黨中央，連署情形在黨中央傳開後，開始有縣市長主動連署。在民進黨執政的十三縣市，已有十一縣市長連署，但不包括甫任閣揆的前台南市長賴清德。 蕭永達說，賴清德八日已就任行政院長，當時已失去民選市長身分，按民進黨規定，賴失去當然黨代表資格，就算想連署，也沒法連署。 至於宜蘭縣代理縣長吳澤成及台南市代理市長李孟諺不是當然黨代表，無法連署，其餘十一位縣市長都連署，連署率百分百。